员工违反公司规定造成严重后果时，可能存在以下法律风险点：
1. 用人单位违法解除劳动合同风险：例如，公司规章制度未经过职工代表大会讨论，仅由管理层单方面制定，员工因迟到3次（公司规定迟到5次为严重违纪）被解除劳动合同，员工申请劳动仲裁后，仲裁委可能以规章制度制定程序违法为由，认定解除行为违法，公司需支付赔偿金。
2. 员工赔偿责任无法追偿风险：例如，员工违规操作导致公司设备损坏，损失10万元，但公司未留存设备损坏的鉴定报告、员工违规操作的监控录像等直接证据，仅以口头说明要求员工赔偿，员工拒绝后，公司向法院起诉可能因证据不足无法获得支持。
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针对员工违反公司规定造成严重后果的直接回复，可依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关条款进行法律分析：
根据2012年修正的《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位有权解除劳动合同。该条款适用需满足两个核心条件：一是用人单位的规章制度合法（制定程序经民主协商、内容不违反法律法规）、合理且已向员工公示（如员工签字确认知晓）；二是员工的行为确实符合规章制度中“严重违反”的明确界定（如造成重大经济损失、严重影响生产秩序等）。若同时满足，用人单位解除劳动合同的行为合法，无需支付经济补偿；若员工行为还构成“严重失职、营私舞弊”，则可进一步依据该条第三项要求员工赔偿损失。
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员工违反公司规定造成严重后果时，后果通常围绕用人单位的处理措施及员工需承担的责任展开。以下分不同情况详细说明：
1. 若用人单位规章制度合法、合理且已公示，员工行为被明确界定为严重违反规章制度，用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同，无需支付经济补偿。
2. 若员工违反规定的行为同时构成“严重失职、营私舞弊，给用人单位造成重大损害”，用人单位除解除劳动合同外，还可要求员工赔偿实际经济损失。
3. 若员工的违规行为触犯刑法（如侵占公司财产、商业贿赂等），将面临刑事责任，用人单位可同时解除劳动合同并追究民事赔偿责任。
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员工违反公司规定造成严重后果的处理，可能受以下特殊情况影响：
1. 规章制度未明确“严重后果”的界定：若公司规章制度仅规定“违反规定造成严重后果将被解除劳动合同”，但未具体说明“严重后果”的标准（如经济损失金额、影响范围等），员工违规造成5万元损失时，用人单位以“严重后果”解除劳动合同，可能因标准模糊被认定为违法解除。
2. 员工违规系因紧急情况或不可抗力：例如，员工为避免公司仓库火灾蔓延，违规使用非指定消防设备（公司规定禁止使用外部消防设备），虽造成设备损坏，但该行为是为保护公司更大利益，用人单位不能仅以违规为由解除劳动合同，需综合考虑行为的合理性与必要性。
3. 规章制度与集体合同冲突：若公司规章制度中“严重违纪”的标准与集体合同不一致，且集体合同效力优先，用人单位依据规章制度处理员工可能无效，需以集体合同约定为准。

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